Pražský hrad čelí dalším výtkám ke způsobu skartování dokumentů. Podle kontrolorů Kancelář prezidenta republiky vede archivní dokumenty podle vlastních pravidel, která se neshodují se zákonem. Podle kontrolního protokolu kancelář nedodržovala skartační lhůty, dokumenty řádně neoznačovala a ty, které označila, byly většinou označeny špatně.

Podnět ke kontrole podal Národnímu archivu advokát Tomáš Němeček, když mu kancelář nechtěla vydat dokument k plánovanému vyznamenání Pavla Rychetského. Samotnou kontrolu pak prováděli pracovníci ministerstva vnitra. Podle Němečka je zřejmé, že že případ skartace kontrasignovaného dokumentu k vyznamenání Pavla Rychetského nebyl zdaleka jediným. 

Mezi nesprávně, resp. předčasně skartovanými dokumenty patří například utajovaná informace z ministerstva zahraničních věcí, která obsahovala důvěrné informace o situaci na Ukrajině a možném riziku konfliktu s Ruskem, nebo dvě zprávy o postoji NATO k situaci v Iráku nebo k Číně. Hrad zprávy po měsíci během mimořádné skartace zničil, zprávy však měly být skartovány nejdříve v roce 2023. Kromě těchto příkladů zničil Hrad dalších 29 dokumentů, z nichž některé měly být podle předpisů skartovány až v roce 2025.

„Když to shrnu, zdá se mi, že kontrolní protokol vypovídá o atmosféře v Kanceláři prezidenta republiky. O určitém prostředí jakési bohorovnosti. Zdá se, že se tam ve velkém rozsahu nedodržovaly základní předpisy vztahující se k archivaci dokumentů. Zejména tedy zákona o archivnictví a spisové službě,“ zhodnotil závěry kontroly Němeček.